Die Marienkirche auf dem Berg nennt vier Orgeln ihr Eigen:

Die Steinmann-Orgel auf der Westempore wurde 1956 errichtet und 1975 erweitert. Ihre 40 Register (3 Manuale und Pedal) sind nach dem vom norddeutschen Barock inspirierten „Werkprinzip“ gebaut. Der Orgelprospekt spiegelt den klanglichen Aufbau wider: Das Pedal steuert die Türme, das Hauptwerk liegt im Zentrum (zweites Manual), das Rückpositiv ist vorgelagert (erstes Manual), und das Brustwerk ist nicht sichtbar (drittes Manual).

Auf der Südseite des Kirchenschiffs befindet sich die Collon-Orgel, 2004 vom Belgier Patrick Collon errichtet. Sie ist dem Orgelbau südlich der Alpen nachempfunden. Ihr 30 Register umfassendes Werk (2 Manuale und Pedal) zeichnet sich durch die spektakuläre, waagerecht ragende Schamade ("Trompeta de batalla") im Stile spanischer Trompeten aus, die einen offensiv schmetternden Klangcharakter besitzt.

Schließlich befindet sich in der Nähe des Taufbeckens das Tzschöckel-Positiv, eine schmucke einmanualige Kleinorgel mit fünf Registern. Ein besonderes Juwel ist das Collon-Positiv, das mit seiner mitteltönigen Stimmung hervorragend für die Interpretation von Orgelmusik aus dem Frühbarock und der Renaissance geeignet ist.

In der Marienkirche bilden sich Aspekte der weitverzweigten Geschichte des Orgelbaus ab: Erfunden im 3. Jahrhundert vor Christus in Alexandria, avancierte die Orgel unter Nero zum Statussymbol der römischen Oberschicht. Nach dem Geschenk einer Orgel an König Pippin den Kleinen im Jahr 757, und anfänglichen Verboten durch Kirchenväter, ernannte das Konzil von Mailand die Orgel 1287 zum einzigen Gottesdienstinstrument. Während der Reformation war Martin Luther ein Orgelfan, doch im 19. Jahrhundert galt die Orgel endgültig als das sakrale Instrument schlechthin und zog auch in Synagogen und Konzertsäle ein.